高新技术企业认定的审计包括： 
　　1、经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用（实际年限不足三年的按实际经营年限）、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告； 
　　2、经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）。
    高新技术企业认定审计中关注的主要问题：
    1.研究开发人员的判定。企业研发人员工资薪酬在整个研发费用中占有较大比重，因而，准确界定研发人员，对认定专项审计来说非常重要。
    2.研发费用的归集与分配。　　
    （1）研发费用与其他生产经营支出相区分。　　
    （2）研发费用按项目进行明细核算。
    （3）合理确定研发费用的分配标准。
    ①企业多个研发项目共用一些研发设备与仪器，折旧费用在各项目间的分摊依据的确定。②企业存在多个研发项目，研发人员的项目分工。
    3.高新技术产品（服务）收入的确认。
    高新技术产品（服务）收入应当占当年总收入的60%以上。