涉农专项资金由于具有其固有的特点，因此，在拨付、使用和管理方面存在着以下问题：
(一)项目立项不科学，必要性和可行性差；立项前期费用大 ，成本高。
(二)项目点多面广，资金拨付和使用链条长，环节多，往往是资金拨付滞后，项目得不到及时有效地实施，影响涉农资金效益的发挥。
(三)由于农业专项资金具有无偿性，个别单位和主管部门随意开口子，任意截留、挤占、挪用、回转，农业专项资金不能及时足额到位，项目得不到完整有效地实施。
(四)一些农业专项资金未按批准的项目实施方案进行实施，擅自变更实施内容。
(五)一些主管部门（单位）受部门利益驱动和缺乏责任心，在项目实施过程中，仍存在变相增加农民负担，损害农民利益的行为。因此，必须强化对涉农专项资金的审计监督。